Вход в Базилику осуществляется с восточной стороны здания. Перед ним расположен Двор Королей. Его главный фасад состоит из основного корпуса, обрамленного двумя башнями, на которых выделяются фигуры царей израильских племен, созданные Хуаном Баутистой Монегро. Нижний хор и хор семинаристов образуют притвор храма. Базилика разделена на три нефа. В средокрестии четыре дорические колонны образуют ядро, на котором опирается купол диаметром 62 фута. Самым значимым местом является пресбитерий, предназначенный для королевской семьи и духовенства. Согласно палеохристианской традиции, именно там должно было находиться захоронение императора. Своды базилики были расписаны Лукасом Джорданте в эпоху Карла II. Лука Камбиассо взял на себя изображение «Славы» в Хоре и «Коронации Девы Марии» в Главной капелле. Также выделяются Распятие в натуральную величину из белого мрамора работы Бенвенуто Челлини, кенотафы Карла I и Филиппа II, созданные Леоне и Помпео Леони, и алтарь, спроектированный Хуаном де Эррерой и выполненный из мрамора Якоме да Треццо.
Величественный базилика Королевского монастыря Эскориала, вход в который осуществляется через Двор Королей. Его фасад, обрамленный двумя башнями, является одним из символов эррерианского стиля XVI века.